Imagerie Cellulaire

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Présentation

La plateforme permet l’accès à un microscope confocal (spinning disk S-M4D), un vidéo-microscope (V-M4D), à un cytomètre en flux (VYB) et à un trieur de cellules (TYTO), équipés pour l’imagerie et l’analyse de cellules vivantes. La plateforme accueille également deux microscopes de super-résolution (SR-M4D et PALM-M4D).

1 - Le microscope confocal mis à jour en mai 2022 (S-M4D ; Olympus GATACA et Andor) basé sur un statif motorisé IX81 est équipé d’une roue de Nipkow (Yokogawa CSU-X1) et de 6 lasers solides permettant l’imagerie confocale en temps réel de cellules vivantes (très faible phototoxicité de l’éclairage laser et enceinte opaque thermostatée). L’acquisition peut être réalisée en simultané sur 2 caméras EMCCD (Andor iXon ultra). Le dispositif possède également un module de photoconversion / photoactivation. La méthodologie confocale permet d’obtenir une résolution optique en xy et z optimale par rapport à l’imagerie d’épifluorescence conventionnelle.

2 - La station d’imagerie d’épifluorescence (V-M4D, Olympus) est constituée d’un nouveau microscope inversé (IX83), d’une source LED 16 canaux, et équipée notablement d’une chambre d’incubation thermostatée, permet de réaliser des expériences d’imagerie cellulaire 3D résolues dans le temps. Les images sont acquises par une caméra sCMOS (Hamamatsu Orca Flash4 ; Volocity).

3 - Le cytomètre (VYB, Miltenyi biotech) est équipé de 3 lasers (8 canaux de fluorescence) et permet d’analyser les mêmes longueurs d’ondes que celles utilisées en microscopie. Il est automatisable (plaques multipuits, marquages, dilutions), et est compatible avec l’utilisation des colonnes magnétiques de la marque (isolement d’évènements rares).

4 - Installé à l’EMBL (pièce 158), le trieur TYTO (Miltenyi) a pour particularité de pouvoir effectuer un tri à faible pression, en limitant la dilution des cellules, ce qui favorise leur survie, en particulier pour les populations fragiles. La cartouche de tri comporte toute la microfluidique, et permet de trier de manière autonome et parfaitement stérile. Associé à un Dispencell (Seed Bioscience), les cultures triées peuvent être clonées et ouvre la voie aux applications cellules uniques.

5 - Microscope Safe360 de Abbelight et Olympus (SR-M4D). Cet instrument qui a été installé sur la plateforme M4D en 2021, vise à renforcer nos capacités d’accueil en microscopie de super-résolution (PALM/ STORM/ PAINT et single particle tracking). Le microscope permet l’imagerie 2D/3D multi-couleurs de cellules fixées et vivantes avec une résolution de quelques dizaines de nanomètres, ainsi que les expériences de suivi de molécules uniques avec la précision de localisation allant jusqu’à 5-10 nm pour les fluorophores organiques. Le système est équipé d’un combineur de 6 lasers (405 nm, 488 nm, 532 nm, 561 nm, 640 nm et 730 nm), d’un module d’illumination homogène EPI/HiLo/TIRF et de deux caméras sCMOS Hamamatsu Fusion offrant un large champ de vue et des grandes vitesses d’acquisition (plus de 100 images par seconde). Le microscope est contrôlé par le logiciel NEO.
Plus de détails sur le site web du fabricant : https://www.abbelight.com/solutions/abbelight-instruments/#SAFe360

6 - Microscope de super-résolution (PALM-M4D). Il s’agit d’un dispositif non commercial monté sur la base d’un microscope (Olympus IX81), de 2 caméras EMCCD (Photometrics) et de 6 lasers (405 nm, 488 nm, 532 nm, 561 nm, 643 nm et 730 nm) contrôlés par un filtre acousto-optique (AOTF). Les caméras EMCCD sont pilotées par le logiciel Micro-Manager v2.0, les lasers sont pilotés par Labview. Cet appareil qui s’adresse aux utilisateurs les plus expérimentés, permet des développements technologiques. Plus de détails sur la page web de l’IBS.

L’analyse des données de microscopie et de cytométrie est disponible dans un local dédié équipé de 3 stations de travail (pièce 551). Volocity et Imaris sont installés pour l’analyse d’image ; NEO et les solutions open source pour l’analyse des données de super-résolution ; MacsQuant et Flowlogic pour l’analyse de cytométrie.

Mots clés

Microscopie ; DIC ; Epifluorescence ; 4D ; Cytométrie en flux ; Tri cellulaire ; Spinning disk confocal ; FRAP ; FRET ; Super-resolution microscopy ; PALM ; STORM ; PAINT ; sptPALM

Effectif

L’expertise scientifique et technique, ainsi que la gestion pratique de la plateforme sont assurées par les responsables (voir « contact et localisation »)

Accessibilité

L’utilisateur confirmé a accès librement aux microscopes ainsi qu’au cytomètre et aux stations d’analyses de la plateforme, sous réserve de suivre la formation préalable spécifique pour chaque instrument et d’avoir accepté les conditions générales d’utilisation.
Dans le cas de projets plus complexes ou faisant appel à notre expertise (collaboration), nous pouvons assurer tout ou partie des analyses (observation et traitement des données).

Comment faire une demande ?

Via le formulaire en ligne ou par contact direct.
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Contact et localisation

La plateforme est située à l’IBS, en pièce 547. Le trieur TYTO est localisé à l’EMBL (pièce 158).

• Jean-Philippe Kleman
• Rose-Laure Revel-Goyet
• Oleksandr Glushonkov
• Martin Pelosse

Echantillons

Les microscopes et le cytomètre sont optimisés pour l’observation de cellules Eucaryotes ou Procaryotes fixées ou vivantes (jusqu’au niveau 2). Une formation de sécurité est obligatoire pour accéder aux locaux de niveau 2. Une pièce de culture Eucaryote (L2) est mise à disposition des utilisateurs.

Rendu résultat

Dans le cas général, les données brutes d’acquisition comme les données analysées, sont archivées 1 an sur les postes informatiques. Une copie de secours est réalisée automatiquement, mais la plateforme ne garantit pas la récupération des données en cas de dysfonctionnement. L’utilisateur est responsable de l’archivage final. Passé le délai de 1 an, les données peuvent être supprimées sans préavis.

Coût

Les coûts d’utilisation des équipements sont facturés à l’heure. Contactez-nous pour plus d’informations.

Suivi/valorisation

La plateforme aide les utilisateurs qui en font la demande dans les choix techniques (échantillons) ainsi que pour le traitement et l’analyse des données.
Dans le cas général, les utilisateurs doivent citer la plateforme dans leurs publications :
« We thank Rose-Laure Revel-Goyet, Oleksandr Glushonkov, Jean-Philippe Kleman (Institut de Biologie Structurale, Grenoble), and Martin Pelosse (EMBL) for the support and access to the Cell imaging Platform. ») et remercier FRISBI et GRAL pour le support de l’UAR : « This work used the platforms of the Grenoble Instruct-ERIC center (ISBG ; UAR 3518 CNRS-CEA-UGA-EMBL) within the Grenoble Partnership for Structural Biology (PSB), supported by FRISBI (ANR-10-INBS-0005-02) and GRAL, financed within the University Grenoble Alpes graduate school (Ecoles Universitaires de Recherche) CBH-EUR-GS (ANR-17-EURE-0003). »
Les projets en collaboration impliquent que les responsables de la plateforme soient co-auteurs des articles publiés.