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Integrated Structural Biology Grenoble

Contacts relatifs à cet article / CHOUQUET Anne / REISER Jean-Baptiste

BioLayer Interferometry

PRESENTATION

La plateforme SPR/BLI met à disposition un instrument de marque PALL/FortéBio pour la caractérisation des interactions biomoléculaires par détection par Interferométrie de biocouches (BLI).
La BLI est une technique optique qui mesure les variations d’épaisseur optique à la surface d’un biocapteur grâce aux interférences créer lors de la reflexion d’un faisceau lumineux à la surface du biocapteur et à la surface de la couche biomoléculaires. Comme elles sont dépendantes de la taille des constituants à la surface, cette technique permet la détection en temps réel et sans marquage de molécules biologiques.

Avec l’OctetRED96e, le technologie s’applique à l’étude des interactions entre partenaires et la détermination des constantes cinétiques d’associations et de dissociations (kon, koff), de la constant d’affinité (KD) ou la quantification de molécules biologiques (concentration).
La méthode repose sur un biocapteur sur lequel une première molécule (le ligand) est capturé, et la fixation du deuxième partenaire (l’analyte) est mesurée à la surface du biocapteur . La réponse est mesurée en temps réel (sensorgramme).
Elle s’applique à la caractérisation des interactions moléculaires impliquant les petites molécules et toutes les classes de macromolécules biologiques (protéines, polysaccharides, lipides et acides nucléiques).

ACCÈS, LOCALISATION, RESERVATION, TARIFS ET CONTACTS

Accès
La plateforme BLI est ouverte aux :

  • Universitaires selon des modalités à définir (accès au service/autonome ou collaboration) en fonction de l’implication du personnel de la plateforme.
  • Industriels sous forme d’une prestation de service sur devis.

Tarifs
Les tarifs s’entendent hors taxe (HT) et par jour d’utilisation. Ils sont révisables une fois par an.
TABLEAU TARIFS A VENIR
Les tarifs comprennent l’accès à l’instrument OctetRED96e de la plateforme et aux matériel et consommables décrits dans le paragraphe « La plateforme fournit ». Ils n’incluent pas les consommables spécifiques qui seront fournis par l’utilisateur ou achetés auprès de la plateforme suivant leur disponibilité.
Tout consommable supplémentaire fourni par la plateforme et utilisé sera facturé en sus du prix d’accès à l’instrument.
Sur demande, un devis peut être fourni.

Localisation
La plateforme SPR/BLI est située sur le campus de l’EPN à Grenoble, dans le bâtiment IBS, salle 515 : http://www.isbg.fr/contact/article/access
Les utilisateurs externes doivent demander une autorisation pour accéder au campus de l’EPN. Contacter le personnel de la plateforme avant votre visite.
Les utilisateurs externes peuvent demander un logement à l’EPN campus Guest house (à leurs propres frais). Contacter le personnel de la plateforme avant votre visite.

Utilisation de la plateforme
Nouveaux utilisateurs
Chaque nouvel utilisateur doit contacter le personnel de la plateforme avant toute expérimentation ou réservation d’instruments.
Une réunion préliminaire est obligatoire pour :

  • Définir les termes d’utilisation de la plate-forme : collaboration ou accès autonome.
  • Discuter des conditions expérimentales et définir la meilleure stratégie pour réaliser l’étude.
  • Programmer la formation et la première utilisation de l’instrument.

Chaque utilisateur doit s’engager à respecter les CONDITIONS GENERALES ET CONSIGNES D’UTILISATION téléchargeables.

Utilisateurs référencés
Les utilisateurs formés et enregistrés peuvent réserver directement après avoir vérifier les calendriers de réservation.

Disponibilité et réservation
Réservation
Chaque utilisateur doit réserver son utilisation de l’OctetRED96e en replissant le FORMULAIRE DE RESERVATION.

Disponibilité
La disponibilité de l’OctetRED96e est consultable ici


Contacts
Adresse
Plateforme SPR/BLI
Institut de Biologie Structurale - UMR 5075 (CNRS-CEA-UJF)
71 Avenue des Martyrs
CS 10090
38044 Grenoble cedex 9
FRANCE
Courriel : ibs-plateforme-spr.contact ibs.fr

Responsable scientifique
Jean-Baptiste Reiser
Courriel : jean-baptiste.reiser ibs.fr
Téléphone : +33 (0)4 57 42 42 85 49

Assistance technique et administratif
Anne Chouquet
Courriel : anne.chouquet ibs.fr
Téléphone : +33 (0)4 57 42 85 85 47

GUIDE D’UTILISATION

Un guide d’utilisation de l’OctetRED96e sera bientôt disponible.

CE QU’IL FAUT APPORTER POUR VOS EXPÉRIENCES

Il vous faut :

  • Tampon(s) d’analyse.
  • Echantillons ligands aux concentrations les plus élevées (à diluer dans des tampons d’immobilisation).
  • Echantillons analytes aux concentrations les plus élevées (à diluer dans des tampons de course).
  • Tampons de régénération si connu.
  • Biocapteurs.
  • Pipettes et embouts (de préférence contrôlés et calibrés).
  • Tubes plastiques (Falcon, tubes de type Eppendorf).
  • Toute donnée et/ou tout protocole antérieur et pertinent.

Commande de consommables et de kits
Les utilisateurs doivent fournir les consommables spécifiques à leurs expériences (Biocapteurs et kits).
Les consommables doivent être commandés auprès de Forébio/Molecular Devices (www.fortebio.com).
Aucun autre biocapteur ne sera accepté.

CE QUE LA PLATEFORME FOURNIT

La plateforme SPR/BLI met à disposition les fournitures de base et communes pour les expériences sur l’OctetRED96e :

  • Instrument OctetRED96e.
  • Réfrigérateur 4°C et congélateur -20°C pour la conservation des échantillons.
  • Vortex et centrifugeuse de paillasse.
  • P20/Tween-20 (ajouté à vos tampons d’expériences)
  • BSA (ajouté à vos tampons d’expériences)
  • Kits d’immobilisation pour les méthodes de couplage amine.
  • Kit de recherche de régénération.
  • Plaques 96 puits pour OctetRED96e.
  • Les utilisateurs externes qui ne peuvent pas apporter de fournitures de laboratoire peuvent emprunter des fournitures de notre laboratoire (pipettes, embouts, consommables en plastique et en verre).
  • Si nécessaire, un spectrophotomètre UV/visible nanodrop est disponible dans notre laboratoire (salle 520).
  • Solutions d’eau filtrée, d’entretien de l’instruments.
  • Des biocapteurs (type AR2G - couplage amine ou SA - streptavidine) sont disponibles. Chaque biocapteur utilisé sera facturé en sus du tarif d’accès.

DE COMBIEN DE TEMPS AI-JE BESOIN ?

Le temps nécessaire pour caractériser pleinement votre interaction dépend de votre système biologique, de la stratégie employée, du temps nécessaire pour optimiser vos expériences et des difficultés que vous pouvez rencontrer..... Il peut varier de quelques jours à quelques semaines....
Voici quelques estimations du temps nécessaire pour les méthodes classiques :

  • Séquence de démarrage : 5-10 min.
  • Immobilisation scouting : 30 à 60 min par échantillon ligand.
  • Immobilisation par couplage amine : 45 à 60 min par échantillon.
  • Capture secondaire : 20 à 30 min par échantillon.
  • Analyses pilotes : ½ journalières à plusieurs jours en fonction du nombre d’échantillons à différentes concentrations, tests de plusieurs temps de contact et de dissociation, des conditions de régénération.
  • MCK/Steady State : 20min à 1 heure ou plus selon la cinétique et les concentrations.
  • Séquence d’arrêt : 5 min.

INFORMATIQUE

La plateforme met à disposition les ordinateurs dédiés au contrôle de chaque instrument, à la mise en œuvre des expériences, à l’acquisition et à l’enregistrement des données et à l’analyse des données,
La plateforme met à disposition un ordinateur supplémentaire et libre d’accès pour l’analyse et le traitement des données,
Tous les ordinateurs sont équipés des logiciels mis à jour régulièrement et nécessaires aux contrôles et à l’analyse des données.

REMERCIEMENTS, PUBLICATIONS ET VALORISATION

Collaborations
Les projets collaboratifs impliquent que les personnels de la plateforme soient co-auteurs des publications dans les journaux à comité de lecture et de toute autre communication dans lesquelles les données SPR ou BLI apparaissent et suivant les termes discutés au préalable.

Service – mis à disposition
Les utilisateurs s’engagent à mentionner la plateforme et son personnel dans toutes les publications ou communications dans lesquelles les données SPR ou BLI apparaissent en mentionnant la phrase suivante : "This work used the platforms of the Grenoble Instruct-ERIC Center (ISBG : UMS 3518 CNRS-CEA-UGA-EMBL) with support from FRISBI (ANR-10-INBS-05-02) and GRAL (ANR-10-LABX-49-01) within the Grenoble Partnership for Structural Biology (PSB). Authors acknowledge the SPR/BLI platform personal, Jean-Baptiste REISER Ph.D. and Anne Chouquet, for their help and assistance."

Qualité
Dans le cadre de sa structuration et de son amélioration continue, le plateau technique SPR s’est engagé dans la mise en place d’une démarche qualité qui a abouti en Juin 2011 à la certification ISO 9001:2008.

REFERENCES

Généralités sur la technologie BLI