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Integrated Structural Biology Grenoble

Contacts relatifs à cet article / FAVIER Adrien

Caractérisation rapide de macromolécules biologiques en solution par RMN

Présentation

Cette plate-forme peut être utilisée pour caractériser :

1. Le degré de repliement d’une protéine :
Cette propriété est déterminée en observant la dispersion des pics de résonance, reflétant la structuration de la protéine (grande dispersion = forte structuration), sur des spectres 1D proton ou sur des spectres de corrélation 1H-15N bidimensionnels si la protéine est marquée 15N.

2. La compacité structurelle de la protéine.
Ce résultat est obtenu par l’enregistrement d’expériences 1D ou 2D HET-SOFAST si la protéine est marquée 15N. Ces expériences permettent de mesurer un paramètre (λNOE), qui dépend de la compacité de la protéine. Une faible valeur de λNOE correspond à une protéine bien repliée alors qu’une valeur plus élevée révèle la présence de régions flexibles. Une valeur globale du paramètre λNOE est mesurée pour l’ensemble de la protéine par l’intermédiaire de l’expérience HET-SOFAST 1D. Avec la version 2D, un paramètre λNOE est mesuré pour chaque résidu dans la protéine.

3. L’état d’oligomérisation de la protéine par le biais de la mesure de la diffusion rotationnelle de la protéine (τc) si celle-ci est marquée 15N.

4. L’interaction de la protéine (ou acide nucléique) avec son partenaire en solution.

Report example

Mots clé

Repliement des protéines, interaction, RMN 1D, RMN 2D, SOFAST, HET-SOFAST

Contact

Adrien FAVIER

Effectif dédié

  • Adrien FAVIER

Equipement spécifique

Spectromètre RMN 600 MHz équipé d’une sonde cryogénique HCN. Température d’analyse : 273 K - 323 K

Les spécifications de l’instrument sont contrôlées trimestriellement et un échantillon standard est utilisé en cas de dysfonctionnement observé.

Accessibilité

Membres du PSB

Coût

Gratuit pour les utilisateurs académiques du PSB

Localisation

IBS / LRMN

Comment faire une demande ?

Via un formulaire en ligne

Autres informations

Délai ≈ 1 semaine.
L’utilisateur vient au laboratoire de RMN avec son échantillon et assiste aux expériences et à leur analyse (1 -3 heures)

Préparation des échantillons :

Les échantillons toxiques et/ou radioactifs ne sont pas acceptés. Ainsi seulement les échantillons biologiques dont le risque est de classe 1 (non pathogènes) seront acceptés.

La concentration minimale de l’échantillon est de l’ordre de 100 µM et le volume de l’échantillon est de 600 µl. Le tube RMN est fourni par le laboratoire de RMN.
Les tampons les plus pratiques pour la RMN du proton sont les tampons phosphate et les tampons deutérés. Néanmoins, les tampons non deutérés suivant peuvent être utilisés :

  • Na Acétate, pH=4.5-5.5
  • Na Acétate, pH=5.5
  • Na Citrate, pH=4.7-5.5
  • NH4 Acétate, pH=7.3
  • MES, pH=5.8-6.5
  • TRIS, pH=7.5-8.5
  • HEPES, pH=7.0-8.0
  • Bicine, pH=8.5-9.0
  • Cacodylic acid, pH=6.5

Il sera cependant noté que les meilleurs résultats sont généralement obtenus lorsque le pH n’est pas supérieur à ≈ 7, que la viscosité de la solution n’est pas trop élevée et que le milieu est limpide (éviter les insolubles).

La concentration en sel doit rester si possible inférieure à 400 mM.
Eviter toute trace de fer et de métaux paramagnétiques.

Conditions d’utilisation :

Voir les conditions générales

Remerciements

Veuillez ajouter les remerciements suivants sur vos posters et publications :

"This work used the platforms of the Grenoble Instruct-ERIC Center (ISBG : UMS 3518 CNRS-CEA-UGA-EMBL) with support from FRISBI (ANR-10-INBS-05-02) and GRAL (ANR-10-LABX-49-01) within the Grenoble Partnership for Structural Biology (PSB)."