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Integrated Structural Biology Grenoble

Contacts relatifs à cet article / ANDRIEU Jean-Pierre

Séquençage NTER

Présentation

Séquençage NTERLa plateforme de séquençage protéique offre à la communauté scientifique la possibilité de faire séquencer tout échantillon se présentant sous forme liquide ou après transfert sur membrane de PVDF (exclusivement).

La détermination de la séquence N-terminale est basée sur la dégradation d’Edman et réalisée sur un séquenceur Applied Biosystems modèle 492 (N° de série 9510287J). Les acides aminés sous forme phenylthiohydantoine générés à chaque cycle sont identifiés par HPLC sur Applied Biosystems Model 140C, et grâce à une analyse des données par le logiciel Applied Biosystems Model 610A (version 2.1). Procédures et réactifs sont ceux préconisés par le constructeur.

Les prestations peuvent se réaliser selon deux modalités :

  • En routine : typiquement des analyses de contrôle de qualité. Dans ce cas, le bénéficiaire s’engage à citer la plateforme dans les remerciements en cas de publication ou lors de communications scientifiques, et à envoyer la référence de l’article au responsable de la plateforme.
  • En recherche et développement : ce type de prestation implique la participation à un projet de recherche ou une collaboration, la mise au point d’une méthode spécifique et/ou un développement technologique particulier. L’ utilisateur s’engage à valoriser les résultats obtenus en y associant la plateforme comme coauteur dans toute publication ou communication scientifique et à envoyer la référence de l’article au responsable de la plateforme.

Le prix des analyses est étudié et adapté en fonction du type de prestation choisie. En général, un séquençage sur 5 à 8 résidus est suffisant pour identifier une protéine. Nous pouvons aller au-delà sur demande particulière.

Mots clé

Séquençage N-terminal, Dégradation d’Edman, Phénylisothiocyanate (PITC), Phénylthiohydantoïne -AA (PTH-AA), Procise 492.

Effectif dédié

Jean-Pierre ANDRIEU, Ingénieur-Chercheur

Equipement spécifique

Procise 492 Applied Biosystems

Accessibilité

IBS, partenaires du PSB, demandeurs extérieurs académiques, privés, industriels.

Comment faire une demande ?

Avant de soumettre une analyse, nous vous recommandons de nous contacter :

  • Jean-Pierre ANDRIEU
  • jean-pierre.andrieu ibs.fr
  • 33 (4) 57 42 85 07

Toute demande de séquençage doit être accompagnée d’un bon de commande.
Les échantillons sont réceptionnés à l’IBS pièce 6343, uniquement en présence du responsable, du lundi au vendredi de 9h à 17h30.
La demande d’analyse est remplie et signée en présence du responsable et validée à réception du bon de commande.
Demande d’analyse :http://www.isbg.fr/IMG/pdf/formulaire_de__demande_analyse-4.pdf

Echantillons

Les échantillons ne doivent pas présenter de risque biologique, radiologique ou toxicologiques...
Pour les échantilllons envoyés par la poste, vous devez joindre le formulaire rempli :

Un numéro d’analyse unique est assigné à chaque demande de séquençage pour l’identification des échantillons. Chaque tube doit être annoté de manière claire.
Dans le cas d’échantillon liquide, la pureté chromatographique de la protéine devra être >90%.
Quantité minimum : 30 pmoles.
Les échantillons seront stockés à température ambiante ou à 4 °C ou à -20 °C (selon le choix indiqué dans la demande d’analyse).

Rendu des résultats

Les résultats sont envoyés par e-mail au format pdf. Vous recevrez la séquence en acides aminés après interprétation des résultats. Les résultats et les données brutes seront stockés et disponibles pendant 4 ans. Les échantillons seront conservés 1 mois après envoi des résultats et ensuite détruits sauf demande explicite du client pour les récupérer.

Coût

Académique : Part fixe 41.77 €, 12.19 € par cycle
Industriel : Le prix des analyses est étudié et adapté en fonction du type de prestation choisie et du projet demandé par le client. Nous contacter pour un devis.

Valorisation

Dans le cas général, les utilisateurs doivent citer la plateforme dans leurs publications en utilisant la phrase : "This work used the platforms of the Grenoble Instruct-ERIC Center (ISBG : UMS 3518 CNRS-CEA-UGA-EMBL) with support from FRISBI (ANR-10-INBS-05-02) and GRAL (ANR-10-LABX-49-01) within the Grenoble Partnership for Structural Biology (PSB)."

Les projets en collaboration impliquent que le personnel de la plateforme soit co-auteur des articles publiés.