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Integrated Structural Biology Grenoble

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Spectrométrie de Masse

Présentation

La plateforme de spectrométrie de masse de l’IBS offre à la communauté scientifique un service d’analyse et caractérisation des protéines et met à disposition les techniques suivantes :

  • Détermination de la masse exacte, à haute résolution des protéines et peptides
  • Contrôle de l’expression, de la modification, de la mutation et du marquage des protéines et peptides
  • Analyse de la protéolyse ménagée des protéines
  • Caractérisation de protéines purifiées après digestion enzymatique (dans le gel ou en solution)
  • Étude de complexes protéiques par spectrométrie de masse native.

La plateforme de spectrométrie de masse s’est engagée dans la mise en place d’une démarche qualité qui a abouti en juin 2011 à la certification selon la norme ISO 9001 (version 2008). Le management de la qualité permet une gestion optimale des compétences et des équipements, des informations scientifiques (traçabilité des données, des analyses et projets), une meilleure visibilité et transparence des procédures utilisées, une adéquation continue aux besoins exprimés par les utilisateurs.

Les activités proposées par la plateforme peuvent être réalisées selon deux modalités :

Analyses de routine : correspondent aux analyses tarifées qui ne nécessitent pas d’une mise au point technique particulière (Contrôle Qualité).

Projets de collaboration : impliquent la participation à un projet de recherche ou une collaboration, la mise au point d’une méthode spécifique et/ou un développement technologique (Recherche et Développement).

Les méthodes d’analyse proposées dans le cadre du contrôle qualité sont détaillées dans le document ci-joint :

Methodes d’analyse (Contrôle Qualité)

.

Le développement et l’application d’autres méthodes d’analyse en spectrométrie de masse seront envisageables après discussion avec le personnel de la plateforme.

Mots clés

Spectrométrie de Masse (SM), Ionisation par Electronébulisation (ESI), MALDI, Temps-de-Vol (TOF), Haute Résolution, Chromatographie Liquide (CL), analyse de Protéines et Peptides, Protéolyse ménagée, Spectrométrie de Masse Native (SM Native).

Effectif

Luca Signor, ingenieur-chercheur CEA

Elisabetta Boeri Erba, ingenieur-chercheur CEA

Equipement

MALDI-TOF MS (Autoflex, Bruker Daltonics)
source d’ion : MALDI
analyseur : TOF
m/z jusqu’à 500’000 (mode lineaire)
résolution : jusqu’à 20’000 (mode réflectron).

LC ESI-TOF MS (6210, Agilent Technologies)
source d’ion : ESI et nanoESI (HPLC-Chip)
analyseur : TOF
m/z 30-3000
résolution : > 20’000
couplage à une chaine HPLC capillaire et nano (séries 1100).

High mass ESI Q-TOF MS (Ultima, Micromass Waters)
source d’ion : ESI et nanoESI
analyseur : TOF
m/z 30-32000
résolution : > 10’000
couplage à une chaine HPLC capillaire et nano (CapLC Waters).

Suivi des instruments : les spectrométres sont entretenus régulièrement (contrat de maintenance préventive et curative) et sont calibrés avant chaque série des mesures.

Accessibilité

IBS, partenaires du PSB, demandeurs extérieurs (académiques, industriels).

Comment faire une demande ?

1. Avant de soumettre une demande d’analyse et si vous avez des questions concernant la préparation des échantillons et le choix de la méthode d’analyse la plus adaptée, nous vous recommandons de nous contacter pour en discuter au préalable.

2. Compléter une demande d’analyse (fichier ci-joint, sauvegarder le fichier vide avant de le compléter) :

Demande d’analyse

.

et l’envoyer en pièce-jointe à : ibs-plateforme-ms.contact(at)ibs.fr.

La DA est validée au moment de la réception des échantillons par le personnel de la plateforme.

3. Les échantillons sont réceptionnés à l’IBS, pièce 166 ou 167 (lundi-vendredi, 9h00-17h30).

4. L’analyse démarrera seulement après validation de la DA par l’utilisateur (signature de la DA par l’utilisateur au moment de la réception des échantillons).

Contact et localisation

ibs-plateforme-ms.contact(at)ibs.fr

IBS
Bureau : pièces 166 / 167
Laboratoire : pièces 159 / 159A

Echantillons

Les échantillons toxiques et/ou radioactifs ne sont pas acceptés.
Ainsi seulement les échantillons biologiques dont le risque est de classe 1 (non pathogènes) seront acceptés.

Un numéro d’analyse unique est assigné à chaque demande d’analyse pour l’identification des échantillons. Chaque tube doit être annoté de manière claire avec une identification correspondant à celle indiqué dans la demande d’analyse (liste des échantillons).

Les échantillons seront stockés à température ambiante ou à 4 °C ou à -20 °C (selon le choix indiquée dans la demande d’analyse). Les échantillons seront détruits après analyse sauf demande explicite du client pour les récupérer.

Conditions optimales pour l’analyse en SM :

  • Utiliser de l’eau d’haute qualité pour toutes les solutions (qualité HPLC ou MilliQ)
  • Tampons et additifs : éviter les tampons phosphate (PBS) et sulfate, les détergents (ex. Triton, CHAPS…) et la contamination par les polymères (ex. polyéthylène glycols)
  • Concentration et volume des échantillons : ≥ 10 microM, volume minimal 20 microlitres
  • Pour les échantillons en solution est conseillé de les filtrer ou centrifuger avant l’analyse afin d’éliminer les éventuelles substances insolubles et les particules en suspension.

Rendu résultat

Les résultats sont envoyés par e-mail au format pdf (rapport d’analyse). En règle générale le délai est de 48h après réception des échantillons (pour des analyses standard, un nombre d’échantillons restreint et de bonne qualité) ; un délai plus précis sera défini avec l’utilisateur au cas par cas à réception des échantillons. Les rapports d’analyse et les données brutes seront stockées et disponibles pour 5 ans.

Coût

Le prix des analyses est étudié et adapté en fonction du type de prestation choisie et du projet demandé par le client. Nous contacter pour un devis.

Suivi/valo

Analyses de routine : L’utilisateur s’engage à citer la plateforme dans les remerciements en cas de publication ou communication scientifique.

Dans le cas général, les utilisateurs doivent citer la plateforme dans leurs publications en utilisant la phrase :
« We acknowledge the platforms of the the Grenoble Instruct-ERIC Center (ISBG : UMS 3518 CNRS-CEA-UGA-EMBL) with support from FRISBI (ANR-10-INBS-05-02) and GRAL (ANR-10-LABX-49-01) within the Grenoble Partnership for Structural Biology (PSB) ».

Projets de collaboration : les projets collaboratifs impliquent que les membres de la plate-forme qui ont étés impliqués activement dans la réalisation du projet soient co-auteurs des publications ou communications scientifiques issues des résultats produits sur la plate-forme.

Publications

Zapun A, Philippe J, Abrahams K, Signor L, Roper D, Breukink E, Vernet T.
In vitro reconstitution of peptidoglycan assembly from the Gram-positive pathogen Streptococcus pneumoniae.
ACS Chemical Biology, 2013, 8 (12), 2688–2696.

Noirclerc-Savoye M, Lantez V, Signor L, Philippe J, Vernet T, Zapun A.
Reconstitution of membrane protein complexes involved in pneumococcal septal cell wall assembly.
PLoS ONE, 2013, 8(9), e75522.

Parent A, Caux-Thang C, Signor L, Clémancey M, Sethu R, Blondin G, Maldivi P, Duarte V, Latour J-M.
A single aspartate to glutamate mutation makes Fur sensitive to H2O2 as PerR.
Angewandte Chemie Int. Ed., 2013, 52, 10339-10343.

Dach I, Olesen C, Signor L, Nissen P, le Maire M, Møller JV, Ebel C.
Active detergent solubilized H+,K+-ATPase is a monomer.
Journal of Biological Chemistry, 2012, 287(50), 41963-41978.

Wollers S, Layer G, Garcia-Serres R, Signor L, Clemancey M, Latour JM, Fontecave M, Ollagnier de Choudens S.
Iron-sulfur (Fe-S) cluster assembly : the SufBCD complex is a new type of Fe-S scaffold with a flavin redox cofactor.
Journal of Biological Chemistry, 2010, 285(30), 23331-23341.

Une liste des publications avec remerciements à la plateforme de spectrométrie de masse est disponible ici.