Ultracentrifugation Analytique AUC

Présentation

Ultracentrifugation Analytique AUC

L’Ultracentrifugation Analytique (AUC) étudie les macromolécules en solution, soumises à une force centrifuge. L’AUC allie séparation des macromolécules et analyse du transport au vu d’une thermodynamique rigoureuse. L’AUC est une méthode souvent incontournable pour étudier les interactions des protéines membranaires et/ou glycosylées, ou entre protéine et polymère, ARN... Les expériences de vitesse et équilibre de sédimentation permettent de :

• Quantifier l’homogénéité des préparations
• Déterminer la stœchiométrie des complexes
• Donner des indications sur la forme globale des macromolécules
• Quantifier des constantes d’association et des interactions inter-macromoléculaires très faibles entre protéines, qui conditionnent leur solubilité
• Analyser des systèmes complexes à plusieurs composants sur la base de leurs densités et propriétés optiques (absorbance, indice de réfraction, fluorescence)

La plateforme AUC s’est engagée dans la mise en place d’une démarche qualité qui a abouti en Juin 2011 à la certification ISO 9001 (2008) et en Juillet 2015 à la certification NF X50-900 (2015).

Mots clés

Ultracentrifugation analytique, vitesse de sédimentation, équilibre de sédimentation, masse molaire, rayon hydrodynamique, interactions, composition.

Effectif

• Responsable : Christine Ebel / Caroline Mas
• Operatrice : Aline Le Roy

Equipements

• Une ultra-centrifugeuse XLA/XLI (Beckman) à double système de détection en absorbance et interférence, équipée de rotors ANTi-60 et ANTi-50 permettant de mesurer simultanément jusqu’à sept échantillons
• Un détecteur en fluorescence (Aviv)
• Un densimètre (Anton PAAR) DMA 5000
• Un viscosimètre (Anton PAAR) AMVn
• Logiciels utilisés : SEDFIT and SEDPHAT (created by P. Schuck, USA), SEDNTERP (D. Hayes, T. Laue, J. Philo, USA), GUSSI and REDATE (C.A. Brautigam, USA)
  Le rapport de résultats mentionnera toutes les précisions nécessaires sur les instruments utilisés et leurs principales caractéristiques.

Des tests de fiabilité sont effectués régulièrement sur les instruments :

• Densimètre : Mesure de l’eau et de l’air (standard) avant chaque utilisation
• Viscosimètre : Mesure de l’eau (standard) avant chaque utilisation
• AUC : Test hebdomadaire de l’intensité lumineuse et maintenance annuelle

Accessibilité

• Accès à l’instrument (pour les personnes habilitées)
• ou : Acquisition des données sans analyse
• ou : Acquisition des données avec analyse
• ouvert aux académiques et industriels selon la disponibilité de l’équipement et du personnel
• en mode de service ou collaboration selon l’implication technique et scientifique

Comment faire une demande ?

Après la prise de contact via le site web, par mail ou téléphone, la faisabilité du projet est discutée.
Le demandeur remplit la 1ère partie de la demande d’analyse qui sera ensuite complétée par la plateforme et validée par la signature des 2 parties.
Toutes les demandes doivent être accompagnées d’une demande d’analyse.
Exemple de demande d’analyse.

Contact et localisation

• Contacter Aline Le Roy, Christine Ebel ou Caroline Mas
• Localisation : IBS pièce 323A et 327, du lundi au vendredi, de 8h à 17h, avec l’assistance, le conseil, l’expertise et les compétences techniques.

Echantillons

• Pour plus de détails, voir « Les requis pour l’échantillon et le solvant ». Nous n’acceptons que des échantillons de classe de risque 1.
• Si les échantillons sont envoyés, ou stockés par la plateforme, la conservation sera faite selon les conditions définies avec le demandeur dans la Fiche Echantillons (à joindre aux échantillons).
• L’échantillon a en général une concentration dans la gamme 0.1-10 mg/mL pour un volume entre 70 et 450µl.
• Son solvant contient typiquement 100mM de sel.
• Le tampon de référence doit avoir un volume et une composition équivalents à celui de l’échantillon ; ne pas contenir de détergent pour les protéines membranaires ; avoir, pour des mesures de densité et viscosité, un volume de 1.5ml.

Rendu résultat

• Le rapport est adaptable aux besoins du demandeur, à définir dans la demande d’analyse
• Les résultats sont remis sous format informatique, avec l’ensemble des données nécessaires à leur exploitation.
• Vérification du responsable de la plateforme avant remise du rapport
• Sauvegarde et archivage des données pendant 5 ans

Coûts et délais

• Académique : participation aux frais de maintenance. Industriel : devis sur demande.
• La date du rendu des résultats est fixée avec le demandeur (entre quelques semaines et plusieurs mois).

Suivi/valorisation

• Dans le cas général, les demandeurs doivent citer la plateforme dans leurs publications en utilisant la phrase « This work used the platforms of the Grenoble Instruct-ERIC center (ISBG ; UAR 3518 CNRS-CEA-UGA-EMBL) within the Grenoble Partnership for Structural Biology (PSB), supported by FRISBI (ANR-10-INBS-0005-02) and GRAL, financed within the University Grenoble Alpes graduate school (Ecoles Universitaires de Recherche) CBH-EUR-GS (ANR-17-EURE-0003). We thank Aline Le Roy and/or Christine Ebel, for assistance and/or access to the Analytical Ultracentrifugation (AUC) platform ».
• Le responsable de la plateforme est co-auteur s’il participe à la rédaction des articles.

Liste de nos chapitres de livres, protocoles et publications méthodologiques concernant AUC, SEC-MALS et SANS

List of publications