Spectrométrie de Masse

PRESENTATION

Mots clés :
Analyse de protéines, peptides et petites molécules, Spectrométrie de Masse Haute Résolution, Spectrométrie de Masse Native, LC-ESI-TOF, MALDI-TOF/TOF, protéolyse ménagée.

Services proposés :
La plateforme de spectrométrie de masse de l’IBS offre à la communauté scientifique un service d’analyse et caractérisation des protéines et met à disposition les analyses suivantes :

• Détermination de la masse moyenne des protéines, peptides et petites molécules ;
• Contrôle de l’expression, de la modification, de la mutation et du marquage des protéines et peptides ;
• Analyse de la protéolyse ménagée des protéines ;
• Séquençage des protéines intactes par MALDI-Top Down Sequencing (MALDI-TDS) ;
• Étude de complexes protéiques par spectrométrie de masse native.

Les activités proposées peuvent être réalisées selon deux modalités :

• Analyses de routine (Contrôle Qualité) : correspondent aux analyses tarifées qui ne nécessitent pas une mise au point technique particulière ;
• Projets de collaboration (Recherche et Développement) : impliquent la participation à un projet de recherche ou une collaboration, la mise au point d’une méthode spécifique et/ou un développement technologique.

Accessibilité :
Les services proposés sont accessibles aux équipes de recherche de l’IBS, aux partenaires du PSB, et aux demandeurs extérieurs académiques et industriels.

Démarche qualité :
La plateforme de spectrométrie de masse s’est engagée dans la mise en place d’une démarche qualité qui a abouti en juin 2011 à la certification selon la norme ISO 9001. Le management de la qualité permet une gestion optimale des compétences et des équipements, des informations scientifiques (traçabilité des données, des analyses et projets), une meilleure visibilité et transparence des procédures utilisées, une adéquation continue aux besoins exprimés par les utilisateurs.

Tarifs :
Le prix des analyses est étudié et adapté en fonction du type de prestation choisie et du projet demandé par le client. Nous contacter pour un devis.

Localisation et contact :
Bâtiment IBS, RDC
Bureaux : pièces 166 / 167
Laboratoire : pièces 159 / 159A
Email : ibs-plateforme-ms.contact ibs.fr

LA DEMANDE D’ANALYSE ET LE RENDU DES RESULTATS

Comment faire une demande d’analyse ?
1. Avant de soumettre une demande d’analyse et si vous avez des questions concernant la préparation des échantillons et le choix de la méthode d’analyse la plus adaptée, nous vous recommandons de nous contacter pour en discuter.
2. Compléter le formulaire de demande d’analyse (DA) ci-joint et l’envoyer à l’adresse email suivante : ibs-plateforme-ms.contact @ibs.fr

Formulaire de demande d’analyse (.doc)

3. Un numéro d’analyse unique est assigné à chaque demande d’analyse pour l’identification des échantillons. Les échantillons sont réceptionnés à l’IBS, pièce 166/167 (de lundi à vendredi, entre 9h30 et 17h30).
4. L’analyse démarrera seulement après validation de la DA par l’utilisateur et le responsable de l’analyse (signature de la DA au moment de la réception des échantillons).

Informations relatives aux échantillons :
Les échantillons toxiques et/ou radioactifs ne sont pas acceptés. Ainsi, seulement les échantillons biologiques dont le risque est de classe 1 (non pathogènes) seront acceptés.

Conditions optimales pour l’analyse en SM :

• Concentration et volume des échantillons : ≥ 10 microM, volume minimal 20 microlitres ;
• Utiliser de l’eau d’haute qualité pour toutes les solutions (qualité HPLC ou MilliQ) ;
• Tampons et additifs : éviter les tampons phosphate (PBS) et sulfate, les détergents (ex. Triton, CHAPS…) et la contamination par les polymères (ex. polyéthylène glycols) ;
• Pour les échantillons en solution est conseillé de les filtrer ou centrifuger avant l’analyse afin d’éliminer les éventuelles substances insolubles et les particules en suspension ;
• Chaque tube doit être annoté de manière claire avec une identification correspondant à celle indiqué dans la demande d’analyse (liste des échantillons).

Les échantillons seront stockés à température ambiante, à 4 °C ou à -20 °C (selon le choix indiquée dans la demande d’analyse). Les échantillons seront détruits après analyse sauf demande explicite du client pour les récupérer.

Rapport d’analyse
Les résultats (rapport d’analyse en format pdf) sont accessibles sur le site PLAGE (http://plage.ibs.fr/plage2/) en vous connectant avec vos identifiants de session IBS et en utilisant le tutoriel :

Tutoriel PLAGE (.pdf)

Un délai de rendu de résultats précis sera défini avec l’utilisateur au cas par cas à la réception des échantillons. Les rapports d’analyse et les données brutes seront stockées et disponibles pour 5 ans.

RESOOURCES HUMAINES ET TECHNIQUES

Effectif :
Responsable de la plateforme : Elisabetta Boeri Erba, ingénieur-chercheur, CEA
Luca Signor, ingénieur-chercheur, CEA
Agneta Kiss, assistant-ingénieur, CNRS

Equipements et méthodes analytiques :

• MALDI TOF/TOF MS (Autoflex maX, Bruker Daltonics)
  source d’ion : MALDI
  analyseur : TOF (mode linéaire et réflectron)
  m/z jusqu’à 500’000 (mode linéaire)
  résolution : jusqu’à > 26’000 (mode réflectron) et > 2’500 (mode linéaire)
• LC ESI-TOF MS (6210, Agilent Technologies)
  source d’ion : ESI et nanoESI (HPLC-Chip)
  analyseur : TOF
  m/z 30-3200
  résolution : > 20’000
  couplage à une chaine HPLC capillaire et nano (séries 1100).
• High mass ESI Q-TOF MS (Ultima, Micromass Waters)
  source d’ion : ESI et nanoESI
  analyseur : TOF
  m/z 30-32000
  résolution : > 10’000
  couplage à une chaine HPLC capillaire et nano (CapLC Waters).

Suivi des instruments : les spectromètres sont entretenus régulièrement (contrat de maintenance préventive et curative) et sont calibrés avant chaque série de mesures.

Les méthodes d’analyse proposées dans le cadre du contrôle qualité sont détaillées dans le document ci-dessous. Le développement et l’application d’autres méthodes d’analyse en spectrométrie de masse sont envisageables après discussion avec le personnel de la plateforme.

Methodes analytiques (.pdf)

SUIVI ET VALORISATION

• Analyses de routine : l’utilisateur s’engage à citer la plateforme dans les remerciements en cas de publication ou communication scientifique. Dans le cas général, les utilisateurs doivent citer la plateforme dans leurs publications en utilisant la phrase :
  « This work used the platforms of the Grenoble Instruct-ERIC center (ISBG ; UAR 3518 CNRS-CEA-UGA-EMBL) within the Grenoble Partnership for Structural Biology (PSB), supported by FRISBI (ANR-10-INBS-0005-02) and GRAL, financed within the University Grenoble Alpes graduate school (Ecoles Universitaires de Recherche) CBH-EUR-GS (ANR-17-EURE-0003) ».
• Projets de collaboration : les projets collaboratifs impliquent que les membres de la plate-forme qui ont été impliqués activement dans la réalisation du projet soient co-auteurs des publications ou communications scientifiques issues des résultats produits sur la plate-forme.